Македонската влада генерално ги почитува верските слободи, но се чини дека политизацијата на верските прашања се зголемува и тоа има негативен ефект врз верска толеранција- стои во извештајот на Стејт департментот за верските слободи во светот во минатата година, а кој се однесува на Македонија.
Понатаму е нотирано дека речиси сите верски групи тврдат дека Владата ја фаворизира Македонската православна црква со тоа што и гарантира даночни олеснувања и финасира изградба на нови цркви.
Освен тоа, некои верски групи велат дека владејачката коалиција во која доминира македонска партија со православна ориентација ја политизира верата за нејзини сопствени политички цели, повикувајќи се на верските уверувања и идентитетот на мнозинството во земјата и со помош на МПЦ.
МПЦ пак демантира каква било поврзаност со владата наведувајќи дека црквата не се вклучува во политика.
Некои во владата и во муслиманската заедница велат дека и Исламската верска заедница во Македонија имала корист од блиските врски со владата.
Тука пред се се спомнува владината поддршка на Исламската верска заедница да наплаќа за проверка на апликациите за визи за одење на аџилак во Саудиска Арабија.
Во минатата година, како што се наведува во извештајот на Стејт департментот, имало извештаи за општествена злоупотреба или дискриминација врз основа на верска припадност, уверувања или практика.
Од време на време, етничките тензии негативно влијаат врз верската слобода, а политизацијата на верските прашања се чини дека се зголемува и има негативен ефект врз верска толеранција, оценува Стејт департментот, додавајќи дека поради тоа што верскиот идентитет често е во корелација со етничкиот, било тешко многу инциденти да се категоризираат како мотивирани од верска нетрпеливост.
Имаше случаи на вандализирање на грбишта и верски објекти, а МПЦ пријави десет ограбувања на православни цркви.
Шефот на самопрогласената Православна охридска архиепископија, која има врски со Српската православна црква која не ја признава МПЦ, Јован Вранишковски останува во затвор за проневера на пари.
Од МПЦ велат дека тешкотиите со кои се соочуваат поранешниот владика Вранишковски и неговите следбеници биле од строго правната природа и не биле поврзани со верската слобода или влијанието на МПЦ.
Во октомври српскиот патријарх изјави за МПЦ дека тоа било „псевдо црковна организација поддржана од страна на државните власти“ што ги налути правосласвните македонци.
Кон крајот на минатата година продолжи судењето на шест етнички албанци муслимани за убиството на пет етнички македонци во април 2012 во близина на селото Смиљковци. Некои медиуми и владини претставници обвинетите ги портретираат како исламски терористи.
Од друга страна, Бекташката заедница пријави малтретирање и повремени закани од пoединци со различни толкувања на исламот, се наведува во годишниот извештај на Стејт департментот за состојбата со верските слободи.